Diplômé de l'École normale supérieure (concours L 1988), il est agrégé d'histoire (1992) et docteur en histoire contemporaine de l'Université Paris IV (1998).
Spécialiste de l’Allemagne et de la période nazie, il a été assistant au centre d'études germaniques de l'université Robert Schuman (Strasbourg), puis de 1998 à 2001 chercheur à l’Institut für Zeitgeschichte de Munich et de 2001 à 2009 maître de conférences à Paris-IV Sorbonne.
De 2009 à 2018, Édouard Husson a été professeur d'histoire contemporaine et d'analyse des relations internationales à l'université de Picardie. Depuis le 1er septembre 2018, il est professeur à l'université de Cergy-Pontoise, où il dirige l'Institut franco-allemand d'études européennes (ancien CIRAC).
Le 11 août 2010, il devient vice-chancelier des universités de Paris jusqu'au 1er septembre 2012, date à laquelle il est nommé directeur de l'ESCP Europe. Le 4 juin 2014, il quitte la direction de cet établissement. De septembre 2015 à mai 2018, il est vice-président de l'université de recherche Paris-Sciences-et-Lettres (PSL). Il rejoint le conseil d'administration de l'Institut des sciences sociales, économiques et politiques (ISSEP) en décembre 2018.
Il est directeur de publication du Courrier des Stratèges et collabore étroitement avec Éric Verhaeghe, également auteur aux éditions Culture & Racines. Il est préfacié du livre de Pierre-Antoine Plaquevent et Youssef Hindi, Israël et la guerre mondiale des religions (2024).
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